Visi pembangunan daerah Kabupaten Kotabaru ke dalam rumusan:

 TERWUJUDNYA PEMBANGUNAN KABUPATEN KOTABARU YANG BERKELANJUTAN MENUJU MASYARAKAT YANG DEMOKRATIS, RELIGIUS, ADIL DAN SEJAHTERA

Dalam melaksanakan tata pemerintahan, Kabupaten Kotabaru membentuk  Satuan Kerja Perangkat  Daerah yang terdiri dari:

SEKRETARIAT :

1. Sekretariat Daerah

2. Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah.

 DINAS DAERAH :

  1. Dinas Pendidikan

  2. Dinas Kesehatan

  3. Dinas Pekerjaan Umum

  4. Dinas Tata Kota dan Perumahan

  5. Dinas Perhubungan

  6. Dinas Kependudukan dan Catatan Sipil

  7. Dinas Sosial, Tenaga Kerja dan Transmigrasi

  8. Dinas Koperasi, Usaha Kecil, Menengah dan Industri

  9. Dinas Pemuda, Olah Raga, Kebudayaan dan Pariwisata

10. Dinas Pertambangan dan Energi

11. Dinas Perdagangan, Penanaman Modal dan Pengelolaan Pasar

12. Dinas Pertanian

13. Dinas Peternakan

14. Dinas Perkebunan

15. Dinas Kehutanan

16. Dinas Kelautanan dan Perikanan

17. Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah.

LEMBAGA TEKNIS DAERAH :

  1. Inspektorat Kabupaten

  2. Badan Perencanaan Pembangunan Daerah

  3. Badan Kepegawaian Daerah

  4. Badan Kesatuan Bangsa, Politik dan Perlindungan Masyarakat

  5. Badan Pemberdayaan Masyarakat dan Pemerintahan Desa

  6. Badan Lingkungan Hidup Daerah

  7. Badan Keluarga Berencana, Pemberdayaan Perempuan & Perlindungan Anak

  8. Badan Komunikasi, Informatika, Arsip dan Sandi Daerah

  9. Kantor Perpustakaan Daerah

10. Kantor Ketahanan Pangan

11. Kantor Pelayanan Perijinan Terpadu

12. Rumah Sakit Umum Daerah Kotabaru.

Secara administratif, Kabupaten Kotabaru terdiri dari 20 Kecamatan dan 195 Desa/Kelurahan, yaitu:

1. Kecamatan Pamukan Selatan
2. Kecamatan Pamukan Utara
3. Kecamatan Pamukan Barat
4. Kecamatan Sungai Durian
5. Kecamatan Kelumpang Barat
6. Kecamatan Sampanahan
7. Kecamatan Kelumpang Utara
8. Kecamatan Kelumpang Tengah
9. Kecamatan Kelumpang Hulu
10. Kecamatan Hampang
11. Kecamatan Kelumpang Selatan
12. Kecamatan Kelumpang Hili
13. Kecamatan Pulau Laut Utara
14. Kecamatan Pulau Laut Tengah
15. Kecamatan Pulau Laut Timur
16. Kecamatan Pulau Sebuku
17. Kecamatan Pulau Laut Barat
18. Kecamatan Pulau Laut Selatan
19. Kecamatan Pulau Laut Kepulauan
20. Kecamatan Pulau Sembilan 

Klik di sini untuk melihat Peta Wilayah Administrasi Kotabaru.