Dalam rangka percepatan pertumbuhan pembangunan pada segala sektor di Kabupaten Kotabaru, pemerintah daeah terus berupaya meningkatkan pembangunan jaringan transportasi, baik darat, laut maupun udara. Perjalan darat di Kabupaten Kotabaru dapat ditempuh dengan melalui jalan darat yang meliputi panjang sekitar 1.000 (seribu) Kilometer, terdiri dari sepanjang 148 (seratus Empat puluh delapan) Kilometer jalan Negara, 134 (seratus tiga puluh empat) Kilometer jalan Propinsi, dan 792 (tujuh ratus sembilan puluh dua) Kilometer jalan Kabupaten. Sepanjang jalan tersebut terdapat 88 (delapan puluh delapan) buah jembatan beton, 20 (dupuluh) buah jembatan besi, dan 5 (lima) buah jembatan kayu.

 

 

Untuk akses keluar masuk Kabupaten Kotabaru tersedia sarana penyeberangan laut dan udara yaitu kapal ferry yang meliputi dua rute pelabuhan yaitu Tanjung Serdang-Batulicin dan Stagen-Tarjun. Selain du pelabuhan penghubung transportasi angkutan darat tersebut, juga terdapat pelabuhan laut di Tanjung Pemancingan, Mekar Putih serta pelabuhan laut khusus sektor pertambangan, kehutanan dan perkebunan.

  

 

Untuk pengembangan transportasi udara di wilayah Kabupaten Kotabaru telah tersedia sarana moda angkutan udara dengan rute Balikpapan-kotabaru-Banjarmasin, Kotabaru-Banjarmasin-Berau, Berau-Balikpapan-Kotabaru (around). Dengan menggunakan pesawat terbang jenis poker mesin baling-baling dengan kapasitas 48 (empat puluh delapan) orang penumpang, dan 600 Kg barang, dioperasikan oleh perusahaan penerbangan swasta yang terpercaya dan telah berpengalaman cukup lama dalam melayani moda angkutan udara antar pulau serta dalam pulau di daerah-daerah yang tersebar di seluruh Indonesia. Pintu akses moda angkutan udara di Kabupaten Kotabaru adalah melalui Bandar Udara Stagen yang dikelola oleh PT. Angkasa Pura I bekerjasama dengan Pemerintah Daerah Kabupaten Kotabaru.